Zullies Ikawati memiliki keahlian akademik yang berfokus pada optimalisasi terapi farmasi klinis dan keamanan obat, dengan penekanan kuat pada manajemen diabetes melitus tipe 2 dan komplikasinya, terutama hipoglikemia. Publikasi terbaru menunjukkan pergeseran signifikan menuju pengembangan alat prediksi risiko hipoglikemia, analisis faktor penyebab, serta intervensi berbasis apoteker untuk meningkatkan keamanan pengobatan, seperti yang terlihat pada studi kasus-kontrol dan meta-analisis di Indonesia. Selain itu, risetnya meluas ke farmakogenetik untuk terapi imunosupresan pada lupus eritematosus sistemik dan transplantasi ginjal, serta evaluasi keamanan obat pada populasi geriatri, termasuk obat yang tidak tepat (PIMs) dan efek samping antipsikotik. Di bidang neurofarmakologi, ia mengeksplorasi potensi ekstrak tanaman seperti okra dan bawang merah sebagai inhibitor fosfodiesterase-4B untuk disfungsi kognitif, yang merupakan kelanjutan dari penelitian sebelumnya tentang ekstrak kayu secang. Pengembangan aplikasi kesehatan digital seperti AKU-Demen untuk demensia dan edukasi vaksinasi juga menjadi fokus mutakhir. Secara keseluruhan, risetnya mengintegrasikan farmasi klinis, farmakoepidemiologi, dan pengembangan produk alami, dengan objek kajian utama pada pasien diabetes, geriatri, dan gangguan kognitif, serta menggunakan metode sistematis, meta-analisis, dan studi eksperimental.