Keahlian akademik Muzhoffar Akhwan berpusat pada pendidikan Islam, dengan penekanan pada pengembangan moral, karakter, dan nilai-nilai keagamaan. Publikasi terbaru menunjukkan fokus pada metode pembelajaran inovatif dan pemikiran kritis dalam konteks keislaman. Pada tahun 2021, ia meneliti efektivitas metode problem-based learning dalam menyebarkan nilai-nilai rahmatan lil ‘alamin di majelis zikir dan ta’lim, yang menunjukkan pergeseran dari kajian konseptual menuju riset terapan berbasis komunitas. Sebelumnya, pada 2019-2020, ia mengkaji pemikiran kritis Nabi Ibrahim dalam perspektif Al-Qur’an, yang menandai minat berkelanjutan pada integrasi nalar kritis dengan teks suci. Karya-karya awal, seperti tentang pendidikan karakter (2014) dan kecerdasan majemuk (2016), memberikan landasan bagi riset mutakhir yang lebih spesifik dan kontekstual. Secara keseluruhan, arah riset terkini Muzhoffar Akhwan menonjolkan pengembangan metode pembelajaran partisipatif dan penggalian nilai-nilai Al-Qur’an untuk membentuk pemikiran kritis dan moral peserta didik, dengan objek kajian yang bergerak dari konsep umum menuju implementasi di lembaga pendidikan non-formal dan analisis tokoh dalam Al-Qur’an.